De volgende intracraniële stoornissen kunnen hoofdpijn tot gevolg hebben:
- Verhoogde/druk liquor cerebrospinalis, het gevolg kan zijn: papiloedeem, dit is een aandoening waarbij de oogzenuw door een verhoogde druk in de schedel zwelt op het punt waar deze het oog binnentreedt.
- Verlaagde druk liquor cerebrospinalis oa post-punctioneel.
- Niet-infectieuze inflammatoire aandoeningen.
- Intracranieel neoplasma, bv hersentumor. 50% van de mensen met een hersentumor heeft hoofdpijn, de pijn is houdingsafhankelijk en neemt in de tijd toe. Meestal treden er ook andere neurologische verschijnselen op zoals epilepsie, motorische uitval of bewustzijnsstoornissen. Hoofdpijn die langer dan drie maanden bestaat als enig symptoom sluit een hersentumor vrijwel uit.
- Intrathecale ( subarachnoïdale) injecties.
- Epileptische insulten.
- Chiari-malformatie type 1, het is een aangeboren afwijkende ligging van de hersenen. Het onderste stuk van de kleine hersenen (tonsillen) is tot tenminste 4 cm diep in het wervelkanaal gezakt. Deze verzakking veroorzaakt een blokkade in de circulatie van het hersenvocht en kan soms leiden tot syringomyelie (de vorming van een holte in het ruggenmerg).
- Syndroom van passagère, hoofdpijn en neurologische uitvalverschijnselen met lymfocytose in liquor cerebrospinalis (HaNDL).
- Andere niet-vasculaire intracraniële aandoeningen.